Lo spagnolo ha girato 223 millesimi più lento del campione del mondo, mentre Valentino Rossi ha chiuso a 315 millesimi dalla miglior prestazione della sessione della mattina, contraddistinta per altro da una pista che andava asciugandosi col passare del tempo.
L’altra Ducati, quella di Nicky Hayden, è quarta a 2 decimi dal compagno di team. Loris Capirossi, alla sua ultima gara in MotoGp, ha chiuso in quinta posizione, pagando solo 6 decimi da Stoner. Sesto è Ben Spies su Yamah ufficiale, il quale è distante 7 decimi dal miglior tempo.
Randy De Puniet è settimo, davanti a Toni Elias e Andrea Dovizioso. Cal Crutchlow è in decima posizione, seguito da Alvaro Bautista, Hector Barbera, Karel Abraham, Hiroshi Aoyama, Josh Hayes e Katsuyuki Nakasuga.
Sono stati ovviamente molti i tributi a Marco Simoncelli sulle moto dei piloti. Capirossi ha corso con il numero 58 sulla moto mentre il compagno di squadra Aoyama ha usato una moto senza marchi ma con una dedica scritta.
