Su un circuito così corto, Stoner ha comunque chiuso primo con ben 252 millesimi di secondo su Dani Pedrosa e 263 millesimi su Jorge Lorenzo, che si è preso la prima fila con la sua Yamaha proprio nelle battute finali della qualifica.
A dire il vero non c’è stata molta lotta per la pole, visto che Stoner ha dimostrato praticamente sempre di essere il più veloce in pista.
Non ce l’ha fatta questa volta Marco Simoncelli a chiudere in prima fila. Il pilota del Team Honda Gresini è quarto a 273 millesimi dalla pole. Quinto partirà l’americano Ben Spies, davanti alla terza Honda ufficiale, quella di Andrea Dovizioso.
La terza fila si apre con Colin Edwards, dunque troviamo la prima Ducati di Nicky Hayden e Randy De Puniet.
Valentino Rossi sprofonda addirittura in 16esima posizione staccato di 1,6 secondi, penultimo davanti solamente a Guintoli che prende il posto di Capirossi per il GP tedesco.
| Pos. | Pilota | Moto | Tempo |
| 1. | Casey Stoner | Honda | 1’21.681 |
| 2. | Dani Pedrosa | Honda | +0.252 |
| 3. | Jorge Lorenzo | Yamaha | +0.263 |
| 4. | Marco Simoncelli | Honda | +0.273 |
| 5. | Ben Spies | Yamaha | +0.375 |
| 6. | Andrea Dovizioso | Honda | +0.476 |
| 7. | Colin Edwards | Yamaha | +0.687 |
| 8. | Nicky Hayden | Ducati | +0.707 |
| 9. | Randy De Puniet | Ducati | +0.822 |
| 10. | Alvaro Bautista | Suzuki | +0.923 |
| 11. | Hector Barbera | Ducati | +0.995 |
| 12. | Cal Crutchlow | Yamaha | +0.995 |
| 13. | Karel Abraham | Ducati | +1.483 |
| 14. | Toni Elias | Honda | +1.520 |
| 15. | Hiroshi Aoyama | Honda | +1.567 |
| 16. | Valentino Rossi | Ducati | +1.639 |
| 17. | Sylvain Guintoli | Ducati | +3.026 |
